O Instituto Sciencius possui protocolos nacionais e internacionais de cooperação, que visam estabelecer a partilha de cultura e conhecimento, desenvolvimento científico, artístico e tecnológico. Algumas destas parcerias, são vinculadas na perspetiva do desenvolvimento de projetos, designadamente no âmbito educativo, formativo e social, implementados no seio da União Europeia e em Países de Língua Oficial Portuguesa (PALOP), bem como noutros Países do Mundo.

O Instituto Sciencius participa em projetos especiais de caráter transversal em diversos domínios do ensino e da formação, podendo incluir intervenções mais globais em termos económicos e sociais. Estes projetos podem ser da iniciativa e responsabilidade do Instituto e/ou em parceria e protocolos de cooperação com outras organizações nacionais e internacionais, designadamente: universidades, institutos, colégios, empresas, bem como outras instituições públicas ou privadas, como associações, ONG, etc.